El 23 de febrero de 1999, se abre una Comunidad de cuatro Hermanas para hacerse cargo de la “Concentración Escolar San Agustín” de Popayán. La Institución había sido regentada por las Hijas de la Caridad de San Vicente Paúl quienes, después de ciento diez años de permanencia en el Centro lo habían entregado debido a la escasez de Hermanas para continuar su misión educadora. Las Hermanas aceptan continuar la labor educativa y evangelizadora en la “Concentración Escolar San Agustín” de Popayán, el 23 de febrero de 1999, inician la nueva misión. En mayo de 2003 la Concentración Escolar se fusiona con el Bachillerato Femenino “San Agustín”, como consecuencia del plan de reorganización del sector educativo en Colombia, y el Centro pasa a denominarse “Institución Educativa San Agustín”. En la actualidad, esta Institución Educativa, que es propiedad del Municipio, oferta los niveles Educativos de Infantil, Primaria y Bachillerato. Cuenta con ciento doce Profesores seglares y dos Hermanas que asumen la Rectoría y dan clase en Bachillerato. Una Hermana se encarga del comedor del Colegio. (2013)

El 17 de enero de 2022 esta Comunidad de la Provincia de San José pasó a formar parte de la Provincia única de América, Provincia "Santa Ana".