Nació en 1581 en España, y desde niño mostró grandes cualidades de inteligencia y de espíritu, siendo destinado por sus padres al servicio de la Iglesia. Al terminar sus estudios en la universidad de Barcelona, y tras recibir las ordenes menores, el santo fue aceptado por la Compañía de Jesús.

Gracias a la influencia y consejos de San Alfonso Rodríguez -portero del monasterio jesuita donde San Pedro vivía- el santo decidió abandonar España en 1610 para asumir las misiones de evangelización en las Indias Occidentales, específicamente en la colonia de Nueva Granada, hoy república de Colombia.

En 1615 fue ordenado sacerdote en Cartagena, y fue ahí donde el santo, al ver la entrega y servicio del P. Alfonso Sandoval por los miles de esclavos negros provenientes del África, tomó la decisión de convertirse en " esclavo de los negros para siempre" y pese a su timidez y falta de confianza en sí mismo, el santo se entregó a aquella misión con tenacidad y mucho entusiasmo. Sus labores empezaban con la visita casi diaria a las barracas en el puerto, donde conversaba y predicaba la palabra de Dios, logrando la conversión y el bautismo de miles de ellos. Además, atendía a numerosos enfermos y moribundos, a quienes llevaba medicinas y alimentos, y a los niños, algunos dulces y caramelos. Su obra evangelizadora también se extendió por los valles y haciendas donde el santo iba a predicar y velar por el cuidado de sus "negros", no sin antes vencer dificultades y penurias por parte de los hacendados.

La intensa actividad del santo deterioró su salud, y luego de bendecir a su sucesor en su misión, apostólica falleció el 8 de setiembre de 1654, día de la Natividad de Nuestra Señora, y en medio de grandes muestras de amor y cariño popular. Fue canonizado el 1888, al mismo tiempo que su gran amigo San Alfonso Rodríguez.