Falleció en la Casa Noviciado de Zaragoza el año 1929.
Fue una mujer de una gran sensibilidad misionera.
Con ella como Superiora General, se despolitiza, eclesializa, universaliza y consolida la Congregación, que pasa a ser de derecho pontificio en 1898, mediante el decreto de aprobación. Igualmente recogió y transmitió el carisma y espíritu congregacionales, y exaltó la figura de nuestros Fundadores.
En 1904 las Constituciones son aprobadas definitivamente.
Se celebró el primer centenario de la Congregación (1904) y el Centenario de los Sitios de Zaragoza (1908-1909). La Comisión ejecutiva de los Sitios de Zaragoza, dedica a Madre Ràfols una lápida y le otorga el título de Heroína de la Caridad. Se trasladan los restos de Madre María Ràfols y Padre Juan Bonal a la Iglesia de la nueva Casa Noviciado de las Hermanas de la Caridad de Santa Ana (1925).
Su cuerpo reposa en una de las tribunas de la Iglesia de la Casa General, en Zaragoza (antigua Casa Noviciado).
La Provincia de Madre Pabla, situada en Asia y que comprende el norte de India, se acoge especialmente a su intercesión.
 

En este día, en 1904, firmaba el Decreto el Cardenal Prefecto de la Sagrada Congregación de Obispos y Regulares, Cardenal Ferrata, y el Secretario Giustini, por orden del Papa Pío X, que se dignó benignamente aprobar y confirmar, como por el tenor del presente Decreto aprueba y confirma las Constituciones del mismo Instituto.