De apellido italiano, porque su padre lo era, pero de madre aragonesa, José Pignatelli nació en Zaragoza el 1737. Su padre era el duque Don Antonio, y su madre la marquesa Doña Maria Francisca, y tenían su palacio junto al solar de los Lunas, la familia del papa Pedro de Luna.

Perdió pronto a su madre, pasó unos años en Nápoles y volvió a Zaragoza para estudiar en los jesuitas. E1 1753 entró en la Compañía de Jesús. Fue novicio en Tarragona y estudió en Manresa, Calatayud y Zaragoza.

E1 1762 era ordenado sacerdote. Fueron años difíciles. El año 1767 el rey Carlos III, "por razones que se reserva en su real pecho", expulsa de España a los jesuitas. Nuestro Santo trabajo con gran celo, a pesar de su débil salud, como profesor, catequista, misionero, visitando enfermos y encarcelados. Fue siempre ejemplo de caridad, humildad y confianza en Dios. Esas son sus virtudes características, que sabia armonizar con una innata elegancia y distinción.

A él le tocó también sufrir el destierro. Vivió en Córcega, Génova, Ferrara. En Bolonia pasó un cuarto de siglo, desde 1773 hasta 1797. Desde que en 1773 fue suprimida la Compañía de Jesús por el débil papa Clemente XIV, que se dejo intimidar por algunos ministros extranjeros, Pignatelli se dedicó sobre todo a reunir los viejos miembros dispersos de la Compañía y a infundirles ánimos con los jóvenes que se van agregando.

Trabajó mucho por la restauración de la Compañía. Fue restaurada por Pío VII el 1814. Pignatelli había muerto ya, pero el había preparado la restauración, la había previsto y para ello había trabajado con toda su alma, como provincial de Italia y reorganizador de la Compañía en Nápoles y en Sicilia. Ha sido llamado segundo padre de la Compañía.

Murió agotado por la enfermedad y los sufrimientos el 1811, en la pequeña casa de San Pantaleón, cerca del Coliseo.